Cependant, un rapport de l'association de protection de l'environnement Greenpeace, publié en février 2006 et basé sur plusieurs études scientifiques, fait état de quelques dysfonctionnements. La quantité d'insecticide produite par chaque épi de maïs semble varier de 1 à 100 selon les plantes. La toxine serait également susceptible de s'attaquer à d'autres papillons non ciblés alors que la pyrale du maïs pourrait présenter une résistance à l'insecticide. Par ailleurs, ces études ont mis en évidence une possible contamination des sols par la toxine qui serait transpirée à partir des racines de la plante.
Suite à la publication de ce rapport, le gouvernement allemand a décidé, il y a une dizaine de jours, de suspendre l'autorisation du maïs MON810 et par conséquent la vente de semence en attendant la mise en place d'un plan d'observation sur l'environnement. Une directive européenne permet en effet à un gouvernement d'interdire un OGM si des études scientifiques parues depuis l'autorisation de commercialisation indiquent qu'il existe des risques pour la santé et l'environnement. C'est ainsi que l'Office allemand pour la protection des consommateurs (BVL) a adressé un courrier à Monsanto lui demandant de ne pas commercialiser le MON810. L'Allemagne rejoint ainsi l'Autriche qui a interdit le MON810 dès 1998 et après elle, la Grèce, l'Italie, la Suisse, la Hongrie et la Pologne et confirme les doutes déjà exprimés par la Commission européenne.
Aujourd'hui c'est au tour de la France de remettre en cause l'innocuité de la semence. Le gouvernement français aurait demandé de nouvelles analyses sur la toxicité du maïs transgénique. Christine Lagarde, ministre de l'Agriculture et Alain Juppé ministre d'État chargé de l'Écologie devraient saisir prochainement la Commission du génie biomoléculaire. Le ministre de l'écologie a même évoqué la possibilité de suspendre l'autorisation du MON810 même si la ministre de l'agriculture a, par la suite, désavoué ces propos.
Du côté des associations de protection de l'environnement, on se félicite : cette déclaration constitue bien sûr une nouvelle tout à fait encourageante, à condition qu'elle soit très rapidement suivie d'effet, c'est-à-dire que le ministre active la clause de sauvegarde comme l'a fait le gouvernement allemand il y a quelques jours, a déclaré Arnaud Apoteker, responsable de la campagne OGM de Greenpeace France. Pour les Amis de la Terre, il serait temps que nos gouvernants qui n'ont que le mot « recherche » à la bouche, tiennent enfin compte des dernières recherches qui démontrent qu'il existe de sérieux doutes quant à la sécurité des OGM, que leurs rendements ne sont pas supérieurs et que leur culture nécessite une consommation de produits chimiques supérieure, a expliqué Christian Berdot en charge des OGM à l'association. France Nature Environnement estime, quant à elle, que la suspension contribuera à une préparation sereine et constructive du Grenelle de l'environnement.
Cependant, compte-tenu des différences de position entre le ministre de l'écologie et le ministre de l'agriculture, les associations attendent avec impatience l'issue du Conseil des ministres de mercredi, lors duquel Alain Juppé et Christine Lagarde devraient avoir l'occasion de se mettre d'accord.