Afin d'apprécier l'effet de ces différentes catégories de protection du patrimoine naturel, l'Institut Français de l'Environnement (IFEN) a comparé l'évolution de l'occupation des sols pendant une dizaine d'années entre l'intérieur des sites protégés, leurs proches alentours et l'ensemble de la métropole. En France, entre 1990 et 2000, le changement d'occupation des sols le plus important a été l'artificialisation des terres sous forme d'étalement urbain (0,22 % du territoire métropolitain). Or, selon l'IFEN, il semblerait que par rapport à la moyenne nationale, les espaces protégés soient restés globalement peu artificialisés, peu agricoles et riches en zones humides.
C'est surtout le cas des cœurs des parcs nationaux du fait de leur localisation en zone de montagne (sauf Port-Cros), de leur périmètre volontairement exempt de zones construites et surtout de leur fort niveau de protection. À l'opposé, les parcs naturels régionaux (PNR) se distinguent par un taux d'artificialisation plus élevé même s'il reste deux fois moins fort que le taux national assorti d'une présence plus faible des zones humides et d'une proportion plus forte de territoires agricoles. La part du territoire des PNR qui s'est artificialisée entre 1990 et 2000 représente 0,10 % de la surface totale couverte par les 42 parcs étudiés. Trois PNR seulement ont subi une forte artificialisation, supérieure au taux national : la Brière (0,39 %), les Causses du Quercy (0,40 %) et le Luberon (0,51 %). En revanche, alors que l'Île-de-France est la région où le processus d'artificialisation a été le plus marqué, les trois PNR franciliens ont plutôt été épargnés : 0,12% du territoire de la Haute vallée de Chevreuse, 0,15% du parc du Gâtinais français et 0,22% pour le Vexin français.
Si les zones protégées sont relativement épargnées, les alentours de ces zones subissent une forte pression et l'artificialisation est très marquée, surtout sur le littoral. La part du territoire des communes littorales qui s'est artificialisée sur la période 1990- 2000 s'élève à 0,63 %. Cette artificialisation des terres s'est faite essentiellement aux dépens de zones agricoles hétérogènes et de terres arables. Or, de par leur structure, les zones agricoles hétérogènes comme les bocages, jouent un rôle positif contre le ruissellement et l'érosion des sols et contribuent à une meilleure biodiversité des territoires agricoles. Les zones humides et les milieux aquatiques sont également en proportion plus faible dans les zones entourant les aires protégées même si cette proportion reste supérieure à la moyenne nationale. Aux portes des PNR, la pression est également très forte surtout en région parisienne : respectivement 0,66% et 0,68% du territoire ceinturant les parcs du Gâtinais et du Vexin ont été artificialisés.
Le recul des prairies est également un phénomène majeur constaté presque partout même dans certaines zones protégées. La perte nette constatée représente 0,13 % du territoire métropolitain. Les cœurs de parcs nationaux et les sites du Conservatoire du littoral ne sont pas touchés mais les PNR et les sites Ramsar accusent des pertes aussi importantes qu'au niveau national voire plus importante. Neuf parcs accusent par exemple une perte prononcée en surfaces de prairies d'une ampleur au moins deux fois plus élevée que celle constatée au niveau national. Les sites Ramsar constituent le type d'espaces protégés le plus affecté et de manière significative puisque la perte est 3,6 fois plus importante qu'au niveau national. Or une biodiversité riche caractérise souvent ce type de milieux, d'où un impact écologique généralement fort lorsqu'ils sont dégradés. En fonction du lieu où elles se trouvent, ces prairies sont soit converties en plan d'eau pour la chasse et la pêche soit en terres arables.