Par une décision du 5 février 2020, le Conseil d'État a précisé les conditions permettant de garantir l'autonomie de l'autorité environnementale lorsque le projet est autorisé par un préfet de département autre que le préfet de région compétent pour délivrer l'avis sur l'évaluation environnementale.
La directive européenne du 13 décembre 2011, éclairée par la décision Seaport de la Cour de justice de l'UE, impose qu'une séparation fonctionnelle soit organisée au sein de l'autorité publique compétente, à la fois pour autoriser un projet et rendre un avis sur l'évaluation environnementale du même projet. Le Conseil d'État avait déjà jugé que, lorsque le préfet de région est l'autorité compétente pour autoriser le projet, la mission régionale d'autorité environnementale (MRAe) peut être regardée comme disposant d'une autonomie réelle. Ce qui n'est en revanche pas le cas des services placés sous son autorité hiérarchique comme la direction régionale de l'environnement, de l'aménagement et du logement (Dreal).
Lorsque le projet est autorisé par un préfet de département autre que le préfet de région, la Haute juridiction considère que l'exigence d'autonomie est respectée. Sauf si le même service a, à la fois, instruit la demande d'autorisation et préparé l'avis de l'autorité environnementale. Avec cette nouvelle décision, le Conseil d'État considère que les exigences de la directive ne sont pas satisfaites lorsque le projet a été instruit pour le compte du préfet de département par la Dreal et que l'avis environnemental, émis par le préfet de région, a été préparé par la même direction. Pour disposer d'une autonomie réelle, l'entité administrative appelée à rendre l'avis doit en effet être pourvue de moyens administratifs et humains qui lui sont propres. Ces exigences sont en revanche satisfaites si l'avis a été préparé au sein de la Dreal par le service d'appui à la MRAe qui a spécialement pour rôle de préparer les avis des autorités environnementales.
En l'espèce, le Conseil d'État donne raison à une association de protection du patrimoine qui contestait l'autorisation préfectorale d'exploiter un parc éolien dans le département de la Haute-Saône. Si l'avis de l'autorité environnementale avait bien été émis par le préfet de région et l'autorisation du projet prise par le préfet de département, la même unité territoriale de la Dreal avait à la fois instruit la demande d'autorisation et préparé l'avis de l'autorité environnementale.
