Benjamin Gestin est diplômé de l'Ecole nationale d'administration. Il entame sa carrière en 2006 où il est secrétaire général adjoint à la Direction des musées de France du ministère de la Culture. Trois ans plus tard, il est nommé administrateur civil à l'Ambassade de France en Inde. En 2012, il rejoint le Centre des monuments nationaux où il est successivement chargé de mission auprès du directeur général puis adjoint au directeur général à partir de 2014.