L'Etat a opté finalement pour trois mesures afin de réduire la facture du projet de canal Seine Nord. Au départ estimé à 4,5 milliards d'euros, la piste du partenariat public-privé est venue alourdir le coût du chantier, le montant à 7 milliards d'euros.

Devant l'obstacle que représentait cette somme, une mission de reconfiguration, confiée au député Rémi Pauvros, s'est penchée sur des solutions d'économies. L'Etat s'est servi de ce travail pour élaborer une stratégie de déblocage.

Première piste : le financement des opérations d'accompagnement de ce projet sur les bassins de la Seine, de l'Oise et du Nord-Pas de Calais devrait être poursuivi dans le cadre du prochain contrat de plan Etat – régions (CPER) 2014-2020, en cours d'élaboration.

"Ces opérations d'accompagnement possèdent un intérêt propre indépendamment de la réalisation du canal", a justifié le ministère de l'écologie.

L'Union européenne aurait confirmé par ailleurs leur éligibilité à un taux de subvention de 40%.

Modification de la déclaration d'utilité publique

Ensuite la reconfiguration envisagée par la mission implique une modification de la déclaration d'utilité publique (ainsi que le code de l'environnement). 
Les démarches réglementaires nécessaires à ces évolutions devraient donc être entreprises prochainement.

Enfin, une mission administrative sur le projet sera mise en place pour approfondir le montage du projet. L'objectif ? Aboutir à des propositions opérationnelles sur la gouvernance et l'économie du projet. Elle appréciera ensuite les engagements financiers des collectivités territoriales, via la conclusion d'un protocole d'intention de financement. Ce dernier fera l'objet d'un examen par les assemblées délibérantes des partenaires.

La mission recherchera également des financements complémentaires auprès de partenaires flamands et wallons au projet de canal Seine–Nord-Europe.

La mission administrative devrait rendre ses conclusions d'ici fin 2014 (avec un rendu intermédiaire en vue du dépôt du dossier de subvention à l'Union européenne).

Dans la région Nord-Pas de Calais, ce projet suscite des espoirs : ils généreraient de 10.000 à 13.000 emplois directs et indirects chaque année pendant les six à sept ans de chantier.

Dans une motion d'urgence adopté, vendredi 20 décembre, le Conseil régional du Nord-Pas de Calais "demande à Monsieur le Président de la République, après le Plan Lorraine et après le Plan Bretagne, de venir annoncer en région Nord-Pas de Calais dès le début de l'année 2014 sa décision de doter la France et la région Nord-Pas de Calais de cette artère vitale pour leur avenir".