Le CNRS et le CEA ont créé deux comités de coordination thématiques : le premier sera dédié aux très grandes infrastructures de recherche (TGIR) et le second à la physique nucléaire et aux hautes énergies (CCT PNHE).

Le Comité de coordination thématique sur les TGIR prendra part à la définition et à la mise en œuvre de la politique en matière de grandes infrastructures de recherche. Outils de pointe de la recherche interdisciplinaire moderne, parmi les grandes infrastructures de recherche, on peut citer CELPHEDIA dans le domaine de la santé et
 ICOS-IAGOS qui étudie la mesure de carbone dans l'atmosphère. Dans son communiqué, le CNRS déclare que ce comité permettra ''d'accroître le poids de la France dans les instances de pilotage (souvent internationales) de ces infrastructures''.

Le second Comité de coordination thématique, pour la physique nucléaire et des hautes énergies (CCT PNHE) est centré sur la recherche dans le domaine de l'infiniment petit. Le CCT PNHE fixe un cadre plus précis à la collaboration historique du CNRS et du CEA dans ce domaine. Son objectif : accroître la lisibilité de l'activité de recherche et de programmation dans ce domaine.