La collaboration entre Ségolène Royal et son secrétaire d'Etat aux transports Frédéric Cuvillier a mal démarré, à la suite des déclarations fracassantes de la nouvelle ministre de l'écologie contre la taxe poids lourds. Ce dossier était pourtant géré avant le remaniement par le maire de Boulogne-sur-Mer (Pas-de-Calais), qui est parvenu à sauver in extremis sa tête au sein du gouvernement Valls au prix d'une rétrogradation dans la hiérarchie. Bien qu'il ait gardé les mêmes attributions - transports, mer et pêche -, Frédéric Cuvillier a perdu avec son rang de ministre délégué une partie de sa crédibilité auprès de ses interlocuteurs, qui le voient réduit aux inaugurations ou à la gestion de crises comme celle de la SNCM.
Autonomie relative
Cette mise sous tutelle est incarnée par Francis Rol-Tanguy, conseiller énergie, transports et mer de Ségolène Royal, et ex-directeur de cabinet de Philippe Martin et de Jean-Claude Gayssot sous Lionel Jospin (1997-2002). En revanche, Frédéric Cuvillier devrait a priori garder la main sur la réforme ferroviaire qui sera discutée en juin à l'Assemblée. Mais la mise en musique du texte risque d'être surveillée de très près, notamment par Jean-Louis Bianco, conseiller spécial de "Ségo" et inspirateur du projet de loi. La seule marge de manœuvre de Frédéric Cuvillier repose sur l'écotaxe : contrairement à sa ministre de tutelle, le secrétaire d'Etat défend le dispositif, dont la réactivation paraît être la seule solution pour le gouvernement.