Conseiller référendaire à la Cour des comptes, Yves Colcombet était précédemment directeur de projet auprès du Premier ministre pour la réforme de l'administration territoriale de l'Etat.

L'ensemble de son parcours professionnel est marqué par sa proximité avec la mer et le littoral. Entré dans le corps des administrateur des affaires maritimes en 1985, il a commencé sa carrière comme adjoint au directeur départemental des affaires maritimes de la Charente-Maritime en 1988, puis l'a poursuivie en 1991 en tant que chargé de mission pour les transports, l'environnement et la mer auprès du préfet de la région Bretagne (1992-95).

Chef du bureau des entreprises publiques maritimes à la direction de la flotte de commerce au ministère de l'équipement et des transports (1996) puis chef du bureau des marchés à la direction des pêches maritimes et des cultures marines au ministère de l'agriculture et de la pêche (1997), il a été rapporteur (1997-98), puis auditeur (1998-99) et, enfin, conseiller référendaire (1999) à la Cour des comptes.

Secrétaire général pour les affaires régionales à la préfecture de région des Pays de la Loire, à Nantes (2004-2007), il est devenu conseiller au cabinet de Jean-Louis Borloo au ministère de l'écologie, du développement et de l'aménagement durables du territoire de 2007 à début 2008 où il a traité des questions d'aménagement du territoire, d'urbanisme et de coordination des questions maritimes.