Mais au terme de ce délai, la commission remarque que seul un nombre très faible d'exploitants a souscrit les mesures agro-environnementales volontaires essentielles à la mise en œuvre en 2007 du plan alors que la mise en place effective des mesures obligatoires doit être impérativement concrétisée avant le 1er janvier 2008. Dès lors, la Commission estime que la France n'a pas pleinement mis en œuvre un arrêt de la Cour de justice de 2001 la condamnant pour infraction à la réglementation communautaire sur la qualité des eaux destinées à la production de l'eau potable. La Commission va donc demander à la Cour d'imposer à la France une somme forfaitaire supérieure à 28 millions d'euros et une astreinte journalière de 117.882 euros !
Après avoir pris connaissance de la décision de la Commission européenne Jean-Louis Borloo, ministre d'Etat, ministre de l'Ecologie, du Développement et de l'Aménagement Durables et Michel Barnier, ministre de l'Agriculture et de la Pêche, n'ont pas exprimé d'étonnement : La décision adoptée aujourd'hui par la Commission était attendue. Les deux ministres ont souhaité rappeler que depuis la condamnation de la France en 2001, les efforts constants de l'État et des agriculteurs bretons ont permis de ramener 28 des 37 bassins versants concernés à la conformité et ont précisé que le respect des objectifs environnementaux constitue une priorité absolue de leur action ministérielle.
Afin d'accélérer et d'accompagner la mise en œuvre du plan de mise en conformité des 9 bassins versants restants, les deux Ministres ont annoncé la mise en place d'un groupe de travail permanent, réunissant sous leur pilotage le représentant de l'État en région, les services spécialisés et les responsables agricoles, afin de progresser aussi rapidement que possible en concertation avec les acteurs locaux et dans un souci de liaison étroite avec la Commission européenne.
Pour la fédération France Nature Environnement, ce contentieux n'est qu'un cas particulier des retombées des cinquante dernières années de la politique de l'eau en France, qui n'a jamais intégré les conséquences environnementales de la politique agricole. La FNE précise notamment que cette action de la Commission intervient au moment où les zones vulnérables, en application de la directive nitrates d'origine agricole, sont en cours de révision dans le bassin Loire Bretagne. Le Comité de bassin devra en effet se prononcer demain sur un projet d'extension de ces zones qui représentent aujourd'hui 54% de la surface de ce bassin. Rappelant que partout en France, de nombreux captages d'eau potable sont abandonnés pour cause de pollution par les nitrates, la fédération France Nature Environnement demande aux plus hautes autorités de l'État que la thématique Eau, transversale par nature, soit un thème majeur du Grenelle de l'environnement.