Dans la bataille que se livrent les partisans de la petite hydroélectricité et ceux de la restauration écologique des cours d'eau, les premiers viennent de remporter une manche. Par une décision du 15 février 2021, le Conseil d'État a en effet annulé à la demande de plusieurs fédérations (Fédération Électricité autonome française, France Hydro-électricité) l'article 1^er du décret du 3 août 2019 relatif à la notion d'obstacle à la continuité écologique des cours d'eau.

Cet article définissait les obstacles à la continuité écologique dont la construction était interdite sur les cours d'eau jouant le rôle de réservoir biologique nécessaire à l'atteinte du bon état écologique des cours d'eau. En interdisant, de manière générale, la réalisation dans le lit mineur de ces cours d'eau de tout seuil ou barrage atteignant le seuil d'autorisation de la rubrique 3.1.1.0, 2°, (hauteur de 50 cm) de la nomenclature des installations, ouvrages, travaux et activités (Iota), cet article méconnaissait les dispositions législatives applicables, a jugé le Conseil d'État. La loi prévoit en effet que l'interdiction de nouveaux ouvrages s'applique uniquement si les ouvrages, appréciés au cas par cas, constituent un obstacle à la continuité écologique.

« Ce décret condamnait une part majeure du potentiel de développement de l'énergie hydraulique en sites nouveaux et en rénovation sur des sites existants (…) et par ailleurs condamnait un nombre conséquent de moulins anciens à une démolition « naturelle » et inéluctable de leurs ouvrages dont la remise en état était interdite », explique Jean-François Remy, avocat de France Hydro-électricité.

Le Conseil d'État a en revanche rejeté la requête de la Fédération nationale de la pêche (FNPF) et de France Nature Environnement (FNE) qui réclamaient, quant à elles, l'annulation de l'article 2 de ce décret. Cet article a ajouté les cours d'eau méditerranéens à la liste des cours d'eau pouvant faire l'objet d'une dérogation à l'obligation de débit minimal.