Le comité d'agrément du comité de bassin Rhône-Méditerranée qui regroupe les différents acteurs, publics ou privés, agissant dans le domaine de l'eau, s'est réuni le 24 mai 2007. Il a rendu un avis favorable à deux nouveaux projets de contrats de rivière pour l'Arly et ses affluents (73-74) et pour l'Orain (39).
Le bassin de l'Arly qui rejoint l'Isère à Albertville a une superficie de 640 km2. Il comprend ses affluents, en rive gauche le Doron et en rive droite la Chaise. D'après le comité de bassin Rhône-Méditerranée, ce territoire connaît une importante pollution des eaux : pollution agricole, domestique, industrielle, par les matières organiques, l'azote, le phosphore, et les métaux. Le SIVOM du Val d'Arly pilotera la démarche d'élaboration du contrat. Les enjeux sur ce territoire porte sur le partage de la ressource en eau, entre l'alimentation en eau potable, l'hydroélectricité, la neige artificielle pour le tourisme hivernal, les sports d'eau vive et la libre circulation du poisson, a indiqué le comité. Ils portent également sur les mouvements de terrain, la gestion du transport solide et les risques d'inondation.
Affluent rive gauche du Doubs à l'aval de Dole, l'Orain dont le bassin versant représente 239 km2, coule depuis le Revermont. D'après le comité, les enjeux pour ce territoire sont la mauvaise qualité des eaux superficielles liée aux rejets domestiques, industriels agroalimentaires et agricoles, les problèmes géomorphologiques, l'érosion des berges, la rectification et l'enfoncement du lit, la modification des pratiques agricoles et les impacts des grandes infrastructures linéaires, les étiages critiques, les problèmes d'inondation, et la concertation entre les acteurs locaux. L'EPTB Saône Doubs portera la démarche d'élaboration du contrat de rivière avec les deux syndicats intercommunaux d'aménagement, Orain Grozonne et basse vallée de l'Orain, a annoncé le comité de bassin.