Le financement de la gestion des sites protégés Natura 2000 est désormais assuré par le préfet pour les crédits d'Etat et par le président du conseil régional pour les crédits européens, selon le décret publié le 5 août par le ministère de l'Ecologie au Journal Officiel.
Ce décret est pris en application de la loi de modernisation de l'action publique territoriale du 27 janvier 2014 qui confie aux Régions la gestion des fonds européens, notamment celle du fonds européen agricole pour le développement rural (FEADER).
Les mesures de gestion des sites Natura 2000 consistent d'une part en l'élaboration et l'animation de leurs documents d'objectifs (Docob) et d'autre part en la réalisation d'actions de restauration de ces sites par le biais de contrats Natura 2000 (contrats forestiers, contrats ni agricoles ni forestiers, contrats portant sur des engagements agroenvironnementaux en sites Natura 2000).
Le préfet assurait jusqu'ici l'exécution financière de l'élaboration et de l'animation des Docob et des contrats Natura 2000, que ce soit pour les crédits d'Etat ou pour les crédits européens.
Selon le décret, un arrêté du ministre chargé de l'environnement fixera la liste des actions contractuelles éligibles à la contrepartie financière de l'Etat. Le cas échéant, un arrêté du préfet de région précisera "cette liste compte tenu, notamment, des spécificités locales, des objectifs de conservation prioritaires et d'une allocation optimale des moyens".