La nouvelle directive devrait être transposée en droit national vers la mi-2009. Elle imposera aux États membres l'obligation de privilégier une approche de planification à long terme pour réduire les risques d'inondation. Cette planification devra se faire en trois étapes.
Les États membres devront tout d'abord d'ici 2011, procéder à une évaluation préliminaire des risques d'inondation de leurs bassins hydrographiques et de leurs zones côtières associées. Les députés ont obtenu que la date initialement prévue soit avancée d'un an.
Par la suite, si la probabilité de dommages consécutifs aux inondations est élevée, les États membres devront, d'ici à 2013, élaborer des cartes des zones inondables et des cartes des risques d'inondation.
Enfin, d'ici à 2015, des plans de gestion des risques d'inondation devront être établis pour ces zones. Ces plans devront prévoir des mesures visant à réduire la probabilité de survenue des inondations et à en atténuer les conséquences potentielles. Ils devront couvrir toutes les phases du cycle de gestion des risques d'inondation, mais se concentreront principalement sur la prévention des dommages par exemple en évitant la construction de logements et d'installations industrielles dans les zones déjà exposées, en prenant des mesures visant à réduire la probabilité des inondations ou encore en donnant des instructions au public sur la conduite à tenir en cas d'inondation.
Ces trois étapes doivent se répéter sur un cycle de six ans, de telle sorte que les évolutions à long terme soient prises en compte.
Dans le cas de bassins fluviaux internationaux, les États membres doivent coordonner leur action pour éviter qu'une région ne se défausse de ses problèmes sur une autre. Ce principe de solidarité a d'ailleurs été renforcé par les députés à travers un amendement : les États membres devront renoncer aux mesures et aux activités qui augmentent sensiblement les risques d'inondation dans les autres États membres, à moins que ces mesures soient coordonnées. Cette solidarité sera d'autant plus nécessaire que le changement climatique annonce une pluviométrie accrue sur l'Europe centrale dans les prochaines décennies. Conscients de cette situation, les députés ont obtenu que la directive fasse référence au changement climatique qui devra être pris en compte dans les évaluations préliminaires ainsi que dans le rapport que la Commission établira en 2018 sur la mise en œuvre pratique de la directive.
Par ailleurs, les députés ont également beaucoup insisté sur le rôle important que joueront les plaines d'inondation naturelles en ajoutant dans le texte que celles-ci devront être maintenues et restaurées, lorsque cela est possible. Les députés ont surtout souhaité rappeler aux Etats-membres de tenir compte de l'incidence de leurs politiques d'occupation des sols sur les risques d'inondation.