Présenté par la Commission européenne en octobre 2005 puis en juin 2006, le projet de directive sur la politique maritime de l'UE a du mal à voir le jour pour cause de désaccord entre le Conseil européen et le Parlement. Cette directive a pour but de réaliser un « bon état écologique » des mers et océans européens d'ici 2021. En vertu de ce texte, les Etats membres devront élaborer et mettre en application des programmes côtiers nationaux de protection en coordination avec d'autres nations qui partagent les mêmes eaux. C'est donc l'approche par l'échelle des écosystèmes qui a été privilégiée, à travers laquelle les environnements côtiers seront identifiés et contrôlés sur la base des frontières biologiques et non plus nationales.
Si les ministres européens souhaitent une directive cadre, sans trop de détails techniques, les députés opte pour une version plus détaillée avec des critères précis sur ce qu'est le « bon état écologique » et des délais limite d'exécution obligatoire. Mais le Conseil estime qu'il est peu réaliste de fixer la limite de 2021 comme objectif légalement obligatoire.
Les discussions doivent se poursuivre entre le Parlement et le Conseil selon la procédure de codécision. La Commission présentera quant à elle un plan d'action sur la question en octobre.