Un rapport scientifique demandé par la Commission européenne et rédigé en 2003 par le Conseil international pour l'exploration de la mer (CIEM) présentait un état des lieux environnemental dramatique de toutes les mers d'Europe. Ce document concluait que la surexploitation, la pollution due aux activités humaines ou les changements climatiques menaçaient sérieusement la biodiversité et la qualité du milieu marin. Le milieu marin de l'UE est notamment menacé par les effets du changement climatique, la pêche commerciale, l'introduction d'espèces exotiques, la pollution et l'introduction de substances dangereuses liées au transport maritime, les déversements d'hydrocarbures ou encore l'enrichissement en substances nutritives provenant de l'agriculture. Face à ce constat, la Commission européenne a mis au point en 2005 une stratégie ayant comme objectif une diminution des pressions et des effets négatifs des activités humaines et une amélioration de la qualité des milieux marins européens.

Soumise au Parlement et au Conseil au cours des deux dernières années sous la forme d'un projet de directive, cette stratégie vient d'être définitivement validée par le Parlement suite à quelques modifications en accord avec les représentants des États membres et la Commission. Lorsque la directive entrera en vigueur (2008), les États membres seront tenus de veiller à ce que les eaux marines de l'Union européenne soient écologiquement saines d'ici 2020 au plus tard.
Pour atteindre cet objectif, la Directive met en place un cadre d'action qui se veut plus global et cohérent. Jusqu'à présent, les mesures visant à protéger l'environnement marin étaient élaborées secteur par secteur : politiques concernant les transports maritimes, la pêche, l'énergie ou encore le tourisme. Mais en raison de la concurrence croissante pour l'utilisation des espaces marins et de l'effet cumulé des activités humaines sur les écosystèmes, le processus de prise de décision a été jugé trop fragmenté et inadapté. Chaque secteur a évolué séparément, engendrant parfois des défaillances, des incohérences et des conflits d'utilisation.
Avec cette directive, l'Europe adopte donc une nouvelle approche basée sur le concept de « régions marines » et de sous-régions définies sur la base de caractéristiques hydrologiques, océanographiques et biogéographiques. Quatre régions marines ont déjà été identifiées : la mer Baltique, l'Atlantique du Nord-Est, la mer Méditerranée et la mer Noire. Les États membres devront d'abord évaluer l'état de l'environnement et les principales pressions dans leurs régions marines respectives, puis déterminer ce qui peut être considéré comme un « bon état écologique », avant d'établir des objectifs, des indicateurs et des programmes de surveillance. Pour définir ce bon état écologique les États membres doivent se référer à une liste de critères fournie par la directive : biodiversité, bonne santé des stocks de pêche, le niveau d'intégrité des fonds marins, niveau de concentration des contaminants…
Les États membres devront appliquer une approche fondée sur les écosystèmes afin que la pression collective soit maintenue à des niveaux acceptables. Des programmes de mesures devront être élaborés d'ici 2015 afin que l'objectif d'un bon état écologique puisse être atteint d'ici 2020. Les Étals membres partageant une même région devront coopérer afin de veiller à la cohérence et à la coordination de leurs politiques. Par ailleurs, la directive prévoit une disposition visant à accélérer la mise en œuvre de la directive dans les régions qui seront considérées comme « projet pilote » par les États membres.

Les États membres ne devraient pas être tenus de prendre des mesures particulières lorsqu'il n'existe pas de risque important pour le milieu marin ou lorsque les coûts de ces mesures seraient disproportionnés compte tenu des risques. À la demande du Parlement européen, les Étals membres devront prouver l'existence de ces risques et éviter que les objectifs environnementaux ne soient compromis.
De même, afin de prendre en compte la situation particulière de certaines eaux marines, la directive prévoit des cas et des zones spécifiques où tous les aspects des objectifs environnementaux ne pourront pas être entièrement atteints.

La Commission européenne s'est, bien entendu, félicitée de ce vote. Pour Stavros Dimas, membre de la Commission en charge de l'environnement, il est absolument vital pour l'Union européenne de protéger ses eaux marines et d'assainir ses mers et océans. De son côté, même si elle reconnaît que le Parlement a renforcé les dispositions proposées par la Commission, l'association environnementale Greenpeace a qualifié cette directive de « médiocre » et accuse le Conseil, en particulier le Royaume-Uni et les Pays Bas, d'avoir tout fait pour maintenir les obligations de cette directive aussi faible que possible. De ce fait, l'association appelle à la vigilance vu que de nombreux aspects de l'exécution de cette directive restent du ressort des Étals membres, les mêmes qui ont cherché à diluer l'affaire, explique-t-elle.