Dominique Godefroy est membre du conseil de gestion du Parc naturel marin des estuaires picards et de la mer d'Opale depuis sa création en juillet 2013. Il représentait les collectivités territoriales et leurs groupements, en tant que vice-président de la communauté d'agglomération du Boulonnais en charge de l'environnement maritime, du patrimoine naturel et des énergies renouvelables. Sur le plan politique, il est également vice-président de l'Association nationale des élus du littoral (Anel) pour la façade Manche - Mer du nord. Sur le plan scientifique, Dominique Godefroy est directeur du centre Manche - Mer du nord de l'Ifremer depuis 2007, et préside le Groupement d'intérêt scientifique Campus de la mer (1) .
La présidence du parc naturel marin lui donne un siège au conseil d'administration de l'Agence des aires marines protégées.
Thierry Ruellet, chercheur spécialiste du benthos, a été élu vice-président du Parc.