Ingénieur chimiste, Emmanuelle Aoustin a débuté sa carrière en 2000 au sein du groupe Véolia environnement, où elle a occupé successivement les postes de Coordinatrice des projets européens puis de Responsable de l'équipe R&D "Risques et Impacts environnementaux". En 2010, elle devient le référent "Empreinte Environnementale" du groupe au sein de la Direction développement durable.
Emmanuelle Aoustin a également dirigé le groupe de travail européen Wulca, impliqué dans l'évaluation du cycle de vie de l'eau ainsi que présidé la commission X30U de l'Afnor, dédiée aux outils de management environnemental.
En 2012, elle rejoint Quantis International en tant que Vice-présidente Marketing et Développement puis est nommée à la tête de la filiale française, fonction qu'elle conserve en parallèle de sa nomination en tant que PDG du groupe.