Dans la continuité des efforts engagés pour réduire les impacts, Jean-Yves Le Drian, ministre de la Défense a signé le 2 avril 2013 avec Delphine Batho, ministre de l'écologie, un nouveau protocole en faveur de la préservation de la biodiversité.

L'enjeu n'est pas négligeable : le ministère de la Défense possède 250.000 hectares, soit le deuxième domaine foncier de France.

L'objectif annoncé serait de mettre en œuvre les objectifs de la conférence environnementale.

Ce protocole vise en priorité la préservation de la biodiversité des terrains et espaces marins militaires, la réduction des consommations énergétiques et le recours aux énergies marines moins polluantes, ainsi que l'intégration de la dimension environnementale dans les programmes d'équipements militaires.

A l'occasion de cette signature, les ministres ont également remis les Trophées Défense Développement durable à six lauréats. Dans la catégorie "actions réalisées", le 1er prix revient à Sébastien Vrac, de la Marine, pour la conception d'un système de filtrage des eaux polluées des bassins d'entretien des navires de Cherbourg ainsi qu'à Bénédicte Maignan, Ingénieur d'études et de fabrication de la Direction générale de l'armement (DGA), pour la réalisation d'un plan de déplacement sur le site de Toulouse.

Dans la catégorie "idées", le premier prix a été remis à Sébastien Marti, technicien supérieur d'études et de fabrication de l'Armée de l'air, pour son projet de création d'un parking couvert intégrant des panneaux solaires à Cuers-Pierrefeu.