Etabli pour la période 2007-2011, le contrat, signé le 4 avril, définit 10 orientations stratégiques et 50 objectifs à atteindre. Quatre orientations portent sur la mise en œuvre des missions de l'agence : disposer d'un outil d'évaluation scientifique permettant de fournir des avis et des appuis scientifiques et techniques fiables ; promouvoir et conduire une politique de recherche en cohérence avec les missions de l'agence ; assurer la pérennité des activités de référence des laboratoires de l'agence et contribuer à formaliser les missions des laboratoires nationaux de référence et assurer la surveillance, la veille et l'alerte et identifier les sujets émergents, indique le communiqué des ministères concernés. Trois orientations concernent le rôle et l'efficacité de l'agence : disposer d'un positionnement adapté aux niveaux communautaire et international, conforter la démarche de performance et développer les relations extérieures sous la forme de création de réseaux fédérateurs, d'échanges et de partenariats, et d'actions de formation et d'information. Trois domaines seront particulièrement développés : l'évaluation des produits phytopharmaceutiques, des matières fertilisantes et des supports de culture, l'achèvement de la montée en puissance de l'Agence nationale du médicament vétérinaire, placée au sein de l'AFSSA et la sécurité sanitaire de l'eau destinée à la consommation humaine. L'AFSSA, établissement public de l'Etat placé sous la tutelle des ministres en charge de la Consommation, de l'Agriculture et de la Santé, a été créée par la loi de sécurité sanitaire du 1er juillet 1998.