Une étape essentielle dans la mise en place du réseau consiste à désigner les sites qui présentent une importance particulière pour la conservation de la biodiversité et qui de ce fait réclament un régime spécial de protection. Or, les auteurs de l'étude constatent que de nombreux Etats membres n'ont pas terminé l'étude de leurs sites et que pour ceux identifiés l'évaluation des impacts des infrastructures n'a pas été réalisée correctement. ''L'étude a pointé de graves insuffisances dans la gestion des sites dans le réseau Natura 2000, avec des prises de décisions non transparentes, des évaluations insuffisantes des effets probables des projets et de l'urbanisation importante sur ces sites'', commente Sandrine Bélier, eurodéputée du Groupe des Verts/ALE et membre de la commission des pétitions. Concernant plus spécifiquement le cas de la France, l'eurodéputée française cite plusieurs projets incriminés par l'étude comme les grands chantiers routiers de l'agglomération orléanaise ou encore l'urbanisation programmée des marais salants de Guérande.
''Les griefs émis par les auteurs de l'étude sont extrêmement préoccupants,'' ajoute-t-elle.''Si, au-delà des discours médiatiques, certains pays de l'Union, dont la France, s'obstinent à ne pas remplir leurs obligations environnementales et humaines, et que la Commission Barroso continue à fermer les yeux sur ces pratiques, c'est l'Arche de Noé que l'on condamne à couler et les citoyens avec'', prévient l'eurodéputée.