Par une décision du 16 février 2022, le Conseil d'État a rejeté la requête de France Nature Environnement (FNE) visant à faire annuler le décret du 3 juillet 2020 relatif à l'autorité environnementale et à l'autorité chargée de l'examen au cas par cas. Ce texte a confié au préfet de région la compétence pour déterminer si un projet, relevant de la procédure du cas par cas, devait ou non faire l'objet d'une évaluation environnementale.

Le Conseil d'État a notamment rejeté le moyen de FNE lié à une méconnaissance de la directive du 13 décembre 2011 sur l'évaluation environnementale. L'association pointait la « double casquette » du préfet. Mais la Haute Juridiction estime conforme au texte européen le fait de confier au préfet de région la compétence du cas par cas, même s'il est chargé de l'élaboration du projet soumis à autorisation ou en assure la maîtrise d'ouvrage. En effet, justifie le Conseil d'État, le Code de l'environnement prévoit que, lorsque le préfet estime se trouver en conflit d'intérêts, il doit confier cet examen à la mission régionale d'autorité environnementale (MRAe).

Le Palais royal rejette la requête sur ce point sans qu'il estime nécessaire « de procéder à la mesure d'instruction demandée ni de saisir la Cour de justice de l'Union européenne d'une question préjudicielle ». FNE avait, en effet, demandé au juge administratif d'enjoindre au Premier ministre de désigner, sous astreinte de 30 000 euros par jour de retard, une autorité « sans lien fonctionnel ni hiérarchique avec les préfets pour effectuer l'examen au cas par cas » et réclamé la transmission de deux questions préjudicielles. En février 2021, la Commission européenne avait pourtant mis en demeure la France de modifier sa réglementation après avoir constaté un risque de conflit d'intérêts des préfets dans l'organisation administrative résultant du décret attaqué.