Fabien Desport est diplômé en biologie et en ingénierie de l'environnement. Il est également titulaire d'un MBA de l'Ecole des hautes études en sciences de l'information et de la communication, Celsa. En 2003, il a rejoint la société Coved comme chargé de mission. Il poursuit sa carrière au sein de la direction Commerciale et Marketing de Sarp industries (groupe Veolia), dédiée aux déchets spéciaux. En 2007, il est nommé responsable du développement du pôle nouveaux marchés.

Sept ans plus tard, il prend les rênes de Société Picardie Régénération, centre de traitement et de valorisation des solvants de Sarp industries.