Le système mis en œuvre se voulait simple. La collecte auprès du public se faisait dans de grands cartons situés dans les pharmacies où le tri était assuré bénévolement. Le transport était ensuite effectué par le grossiste, qui les stockait dans des bennes, le temps que les déchets issus du médicament (DIM) soient éliminés dans des incinérateurs financés par Cyclamed, tandis que les médicaments non utilisés (MNU) étaient récupérés et triés par des associations humanitaires. Celles-ci les expédiaient dans des pays en voie de développement ou des pays de l'Est, ou les utilisaient en France pour des populations dépourvues de protection sociale.
Cependant, un rapport de l'Inspection Générale des Affaires Sociales (IGAS) commandé à la suite de la découverte de plusieurs affaires de détournement de médicaments et rendu public en janvier 2005, a mis en évidence de nombreuses anomalies. L'IGAS note premièrement que le dispositif Cyclamed encourage le gaspillage de médicaments déjà très élevé en France. Le non-respect des posologies médicales, la taille des conditionnements et la dispense d'avance des frais en pharmacies encouragent la consommation. Mais au final près d'un médicament remboursé sur deux n'est pas pris. Contrairement aux objectifs environnementaux initiaux, Cyclamed n'a jamais cherché à minimiser l'afflux de déchets et de MNU, en analysant par exemple les comportements des consommateurs et en agissant sur ceux-ci, conclu l'IGAS.
L'IGAS a également mis en évidence des performances environnementales médiocres : Cyclamed a réalisé en 2003 un taux de collecte des emballages de 11,6 %, soit 6 fois moins que l'objectif de 75 % qui lui était fixé. Au final, ce sont presque 90 % des déchets d'emballages de médicaments qui sont aujourd'hui pris en charge par la filière des ordures ménagères et donc soumis au financement des collectivités locales.
En outre, l'intérêt du recyclage humanitaire des médicaments non utilisés a été largement remis en question par le rapport de l'IGAS : tri mal fait, médicaments inadaptés aux maladies des pays bénéficiaires, risque de confusion à cause de la barrière de la langue, stockage inadéquat, etc. Toutes ces remarques ont poussé l'IGAS à conseiller une profonde réforme du système et de ne pas renouveler l'agrément de Cyclamed.
Depuis, la loi du 26 février 2007 portant diverses dispositions d'adaptation au droit communautaire dans le domaine du médicament a mis fin au recyclage de ces produits. Deux nouveaux textes publiés récemment décrivent les nouvelles modalités encadrant le don et la distribution humanitaire de médicaments.
Toutefois, la collecte des médicaments et de leurs emballages est maintenue à travers les pharmacies. Les jeter avec les ordures ménagères non recyclables fait en effet courir le risque qu'ils se retrouvent en centre d'enfouissement. Les pouvoirs publics estiment que l'incinération est une voie plus sécuritaire sur les plans sanitaire et environnemental et souhaitent de ce fait maintenir le système de collecte existant. Les médicaments et leurs emballages seront désormais systématiquement incinérés ce qui ne solutionne toutefois pas le problème du gaspillage...