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François Pupponi a débuté sa carrière en tant qu'inspecteur des impôts. En 1995, il entre au conseil municipal de Sarcelles (95) pour être élu maire de la ville en 1997 (poste qu'il occupe depuis). Un an plus tard, il devient conseiller général du canton de Sarcelles-Nord-Est. En 2007, il est élu député du Val d'Oise.

L'Anru précise dans son communiqué que François Pupponi, avec Claude Dilain, aujourd'hui président de l'Anah (agence nationale de l'habitat), a été rapporteur de la loi de programmation pour la ville et la cohésion urbaine, votée en février 2014.

François Pupponi est également membre de la commission des affaires économiques de l'Assemblée nationale.