La certification est organisée autour de trois niveaux de certification : un premier sert de ''pré-requis'' puisqu'il s'agit de respecter les exigences donnant droit aux aides de la Politique Agricole Commune et de réaliser un diagnostic environnemental de l'exploitation. Ce bilan sera réalisé par l'exploitant lui-même et vérifié par un organisme de conseil habilité qui délivrera une attestation cosignée. Un second niveau est basé sur la mise en place d'un principe de management environnemental ce qui signifie une obligation de moyens tandis que le niveau trois de haute valeur environnementale (HVE) est fondé sur une obligation de résultats. Ce dernier est construit sur des indicateurs mesurant les performances de l'exploitation, indicateurs qui seront comparés à des seuils de référence.
Ce dispositif doit faciliter l'intégration des enjeux environnementaux à travers une démarche de progrès, a souligné le ministère de l'agriculture.
Pour Michel Barnier, il s'agit bien d'impulser un mouvement d'ensemble vers un nouveau modèle agricole. Pour qu'il y ait production durable, il faut qu'il y ait consommation durable. Nous avons un outil, avec la certification environnementale, pour faire se rencontrer les deux.
Ces propositions seront exploitées dans le projet de loi portant engagement national pour l'environnement, dit Grenelle 2.
Si l'ensemble de la démarche HVE va dans le bon sens pour Bernard Guidez, président de l'association nationale Farre, ce dernier souligne l'urgence de connaître rapidement les modalités de reconnaissance des démarches existantes intégrant tout ou partie de ces obligations de moyens. Concernant le 3e niveau, le président de Farre met en garde sur les seuils qui seront fixés : des niveaux trop contraignants, parce que économiquement trop pénalisants, risqueraient de freiner les agriculteurs souhaitant s'engager dans la voie d'une agriculture écologiquement responsable.
De son côté, France nature environnement (FNE) a rappelé que d'autres agriculteurs, non nécessairement en bio, produisent des aliments de qualité dans des milieux de qualité. Une mise en valeur des exploitations agricoles les plus favorables à l'environnement est aujourd'hui indispensable. Pour Jean-Claude Bévillard, chargé des questions agricoles à FNE, pour répondre aux attentes de la société, la certification HVE devra se fixer des objectifs clairs et ambitieux pour améliorer rapidement la qualité des sols, de l'eau, de la biodiversité.