Ingénieur Arts et Métiers, Guillaume Gazaignes a également suivi une formation à l'Ecole Centrale de Lille. Il intègre le groupe SNCF en 2008. Il est assistant chef de projets de SNCF Réseau, puis chef de projets – études d'ingénierie et chef de projets sur l'ingénierie de construction. En 2015, il rejoint la direction Innovation et recherche de la SNCF comme chef de projets, puis responsable de groupe Innovation et recherche Energie, un an plus tard.