Par une décision du 9 mai 2018, le Conseil d'Etat enjoint le Premier ministre de dresser la liste des habitats naturels devant faire l'objet de mesures de protection dans un délai de six mois sous astreinte de 500 euros par jour de retard.

La loi Grenelle 2 de 2010 prévoyait en effet qu'un décret en Conseil d'Etat détermine les conditions dans lesquelles devait être fixée la liste des habitats naturels faisant l'objet de mesures de protection. Ces espaces sont ceux dont la conservation est justifiée par un intérêt scientifique particulier ou les nécessités de la préservation du patrimoine naturel.

Ce décret n'ayant jamais été publié, la Ligue pour la protection des oiseaux (LPO) avait réclamé sa publication au chef du Gouvernement puis attaqué son refus implicite devant la Haute juridiction administrative. Celle-ci lui donne raison estimant que les dispositions relatives à la protection des habitats naturels prévus par l'article L. 411-2 du code de l'environnement ne peuvent recevoir application sans que le décret ne soit publié.

"Si la dégradation des habitats naturels constitue une cause majeure du déclin de la biodiversité, force est de constater que nombre d'entre eux ne bénéficient d'aucune protection forte", explique la LPO qui cite notamment le réseau Natura 2000 qui repose essentiellement sur une base contractuelle et qui ne s'étend pas aux territoires d'outre-mer.