Après que plusieurs organisations (CFDT, GNIS, ANIA, FNSEA) ont décidé de quitter le comité éthique économique, éthique et social (CEES) du Haut conseil des biotechnologies (HCB) à la suite de la publication d'un avis sur la coexistence des cultures OGM et non OGM, François Fillon a demandé à Jean-François Dhainaut, président du HCB, de mener une mission afin d'identifier les succès du HCB, mais aussi les difficultés auxquelles il se heurte. "Cette mission devrait permettre de rétablir un dialogue constructif pour que la nouvelle forme de débat instaurée par cet organisme perdure", indique Jean-François Dhainaut dans un communiqué. Les parties prenantes seront auditionnées afin "de rassembler [d'ici fin mars] leurs réflexions et leurs souhaits, d'identifier les points méritants des ajustements ou des évolutions et de formuler des propositions (…). Le départ de certaines [d'entre elles] a montré ces dernières semaines que, si le dialogue avait toujours prévalu, certaines parties prenantes estimaient encore ne pas être suffisamment entendues".

France nature environnement, dans un communiqué de presse, appelle "les pouvoirs publics à conserver l'outil original et indispensable que constitue le CEES et à ne pas plier face aux menaces inacceptables de ceux qui veulent imposer les OGM aux Français par la force". Selon l'association,dans son avis sur la coexistence, "le CEES a refusé de faire croire à un consensus qui n'existe pas. Il a préféré exposer les points de vue des différentes parties prenantes de la société française qui le composent. En faisant ce choix, il respecte son rôle d'organisme destiné à éclairer les pouvoirs publics et non à se substituer à leur rôle d'arbitre. Est-ce cela que refusent ceux qui se comportent comme un lobby pro-OGM et qui n'acceptent de participer à un comité consultatif que si celui-ci est soumis à ses choix ?". FNE rappele que 19 parties prenantes ont participé à l'avis et que les défections sont donc minoritaires. Pour Lylian Le Goff, copilote de la mission Biotechnologies chez FNE : "les démissionnaires n'admettent pas que l'on dénonce les conséquences d'une coexistence des filières alors que celles-ci sont reconnues depuis des années, et particulièrement lors des débats du Grenelle de l'environnement consacrés aux OGM. Il y a notamment contamination inéluctable et croissante au fil des années des productions voisines et des ruches".

Installé le 22 avril 2009, le Haut conseil des biotechnologies fait partie des engagements pris à l'issue du processus Grenelle. Ses missions ont été définies par la loi du 25 juin 2008 : éclairer le gouvernement sur toutes questions intéressant les OGM ou toute autre biotechnologie et formuler des avis généraux en matière d'évaluation des risques pour l'environnement et la santé publique que peuvent présenter l'utilisation confinée ou la dissémination volontaire des OGM.