Polytechnicien, Jean-Christophe Niel est docteur en physique théorique et ingénieur général des Ponts, eaux et forêts. Il entame sa carrière en tant que chercheur-enseignant au sein du service de physique théorique du CEA/CNRS. A partir de 1991, Jean-Christophe Niel intègre la Direction de la sûreté des installations nucléaires (DSIN) où il prend en charge le contrôle du cycle du combustible mais aussi des déchets radioactifs et des installations du CEA.
Quatre ans plus tard, il rejoint l'IRSN au poste de chef du département d'évaluation de sûreté puis de directeur de la stratégie, du développement et des relations extérieures. En 2005, il est nommé responsable de la mission stratégie du ministère de l'Equipement et des transports, avant de prendre les rênes de l'ASN à partir de 2007.
