Diplômé de l'Institut national agronomique de Paris-Grignon et de l'Ecole nationale du génie rural, des eaux et des forêts, Jean-Yves Caullet débute sa carrière en 1980 à la Direction départementale de l'agriculture du Bas-Rhin. En 1983, il rejoint le Secrétariat d'Etat aux DOM-TOM en tant que chargé des affaires agricoles.
Directeur de cabinet du Préfet d'Eure-et-Loir, puis sous-préfet d'arrondissement à Saint-Claude (Jura) et à Avallon (Yonne), Jean-Yves Caullet rejoint en 1991 le cabinet du Président de la République, François Mitterrand, en tant que Conseiller technique en charge des questions intérieures et de l'Andorre.
Aujourd'hui, Jean-Yves Caullet est député de l'Yonne et maire d'Avallon. Il est également Président de l'association départementale des communes forestières de l'Yonne et administrateur de l'Agence de l'Environnement et de la Maîtrise de l'Énergie (ADEME). Il s'est vu confier en décembre 2012 une mission par le Premier Ministre sur l'avenir de la forêt française et de la filière bois. Cette réflexion s'inscrit dans le cadre de la préparation du projet de loi d'avenir sur l'agriculture, l'agroalimentaire et la forêt. Jean-Yves Caullet remettra son rapport à Jean-Marc Ayrault courant mai prochain.