L'Assemblée nationale est revenue, en seconde lecture, sur la question de la protection des moulins comme élément du patrimoine. Les députés ont en effet supprimé l'introduction des systèmes hydrauliques comme élément du patrimoine culturel, historique et paysager protégé de la France. Ils ont également écarté le fait que la gestion équilibrée de la ressource en eau doive assurer la préservation du patrimoine.

En revanche, ils ont laissé ouvertes les modalités de protection des moulins. Le respect de la continuité écologique des cours d'eau doit prendre en compte cette protection.

En effet, l'établissement de la liste des cours d'eau en très bon état écologique et celle où il est nécessaire d'assurer le transport suffisant des sédiments et la circulation des poissons migrateurs doivent être "mises en oeuvre dans le respect des objectifs de protection, de conservation et de mise en valeur du patrimoine protégé soit au titre des monuments historiques, des abords ou des sites patrimoniaux remarquables en application du livre VI du code du patrimoine, soit en application de l'article L. 151-19 du code de l'urbanisme".

Un groupe de travail, mis en place par Fleur Pellerin, alors ministre de la Culture, doit précisément réfléchir aux principes pour appliquer de manière "adaptée" les objectifs de continuité écologique aux problématiques de seuil des moulins. Reste à voir quelles seront leurs propositions et si elles seront intégrées lors de la prochaine étape. Les discussions en séance publique, en seconde lecture au Sénat, reprennent les 24, 25 et 26 mai.