Dans son état actuel, le projet de loi ne prend pas correctement en compte le rôle de l'abeille et les réalités de l'apiculture, qui occupent une place tout à fait particulière dans cette problématique, estiment les apiculteurs français. Les professionnels craignent plus précisément que les abeilles deviennent indésirables puisqu'elles risquent de participer à la contamination des plantes non génétiquement modifiées par des pollens de plantes GM. Ils rappellent également que l'abeille butine jusqu'à plusieurs kilomètres autour de sa ruche. Or, le projet de loi prétend que la culture des PGM sera soumise à des conditions techniques « visant à éviter la présence accidentelle d'OGM dans d'autres productions », explique les apiculteurs. La réalité des distances de butinage des abeilles est telle que sa prise en compte gèlerait pratiquement toute possibilité de culture d'OGM, ajoutent-ils. Les apiculteurs ne savent donc pas comment va pouvoir être concilié culture d'OGM et ruches et craignent que face aux lobby de l'agrochimie, le Haut Conseil des biotechnologies qui devra définir les conditions ne le fasse au détriment de l'apiculture.
L’Union Nationale des Apiculteurs Français (UNAF) rappelle que pour vivre l’homme a plus besoin des abeilles que des OGM-pesticides en pleins champs, déplore que l’apiculture ne soit pas considérée à sa juste place dans ce projet de loi et appelle les Députés encore indécis à voter contre ce texte.