Saisi par plusieurs députés et sénateurs de l'opposition (Verts, PS, PC) au sujet de la loi OGM et notamment de sa procédure d'adoption, le Conseil constitutionnel a validé l'essentiel de la loi. Selon lui, la loi a été adoptée au terme d'une procédure régulière et est conforme à la Charte de l'environnement.
Les requérants soutenaient que les articles 2, 3 et 6 de la loi méconnaissaient le principe de précaution dicté par l'article 5 de la Charte de l'environnement. Ils soutenaient également que ses articles 10 et 11 méconnaissaient le principe d'information du public (article 7 de la Charte) mais le Conseil a jugé que toutes les dispositions de la Charte de l'environnement étaient respectées. Il a également estimé que la loi respecte les directives communautaires sur ce sujet.

Cependant le Conseil Constitutionnel n'a pas validé deux alinéas de l'article 11 de la loi OGM qui renvoyaient à un décret en Conseil d'Etat le soin de fixer la liste des informations qui ne peuvent pas être tenues confidentielles et qui doivent être fournies par le demandeur d'une autorisation. Le Conseil Constitutionnel rappelle que selon la charte de l'environnement c'est la responsabilité du législateur de fixer les règles relatives aux secrets protégés. Il a donc censuré ces alinéas mais a repoussé la date d'effet de cette décision au 1er janvier 2009 pour laisser au Parlement le temps d'adopter les dispositions correspondantes.

Selon le MEEDDAT, cela ne remet pas en cause l'application concrète de la loi dont les textes d'application seront publiés avant la fin de l'année.