« Lorsque nous réduisons l'utilisation des antibiotiques, nous constatons une réduction de la résistance à ces antibiotiques. La diminution des usages engagée en médecine vétérinaire se poursuit, mais ralentit, constate Gilles Salvat, directeur général délégué au pôle recherche et référence de l'Agence nationale de sécurité sanitaire (Anses). Comme chaque année, l'Anses présente ses indicateurs de suivi de l'antibiorésistance chez les animaux. Cette surveillance constitue l'un des piliers de l'approche « One health, une seule santé » adoptée par le gouvernement. Celle-ci vise une action unifiée concernant la santé publique, animale et environnementale.

Car les trois sont liés. Parmi les sources de contamination de l'environnement identifiées figurent, en effet, les effluents d'élevage (fumiers, lisiers), les eaux de pisciculture d'eau douce aux côtés des eaux usées et des boues issues des stations d'épuration, l'assainissement non collectif, les rejets des sites producteurs de principes actifs d'antibiotiques et les anciens sites d'enfouissement de déchets. « L'effet réel des traces d'antibiotiques retrouvées dans l'environnement sur l'homme est encore mal connu, mais favorise très probablement le développement de résistances », notait ainsi la mission Carlet dans son rapport publié en juin 2015, à la demande du ministère de la Santé.

À partir de 2011, deux plans Ecoantibio ont été successivement lancés pour essayer de réduire l'usage des antibiotiques en médecine vétérinaire et préserver l'utilisation des antibiotiques critiques pour la médecine humaine. Avec des résultats plutôt positifs.

Une réduction de 60 % sur les tonnes d'antibiotiques vendues

« Par rapport à l'année de référence – 2011, début du plan Ecoantibio 1 –, nous constatons une réduction de 60 % sur les tonnes d'antibiotiques vendues », salue Franck Foures, directeur de l'Agence nationale du médicament vétérinaire. Cette baisse se retrouve également dans un indicateur plus précis de l'exposition : l'aléa, qui prend en compte les effectifs des animaux, mais aussi les posologies d'utilisation. Car les nouveaux antibiotiques ont souvent des posologies plus faibles. L'aléa a ainsi réduit de 47 % depuis 2011.

Un élément nouveau vient toutefois rebattre les cartes : le plan d'action du Pacte vert pour l'Europe, dans le cadre de l'objectif zéro pollution, demande une réduction de 50 % des ventes totales dans l'UE des antibiotiques destinés aux animaux d'élevage, d'ici à 2030, en prenant comme année de référence 2018. « C'est un défi pour la France, a estimé Franck Foures. Nous avions déjà commencé à réduire nos usagers à cette période, notre référence est déjà basse. » Désormais, l'UE demande également, dans le cadre du règlement applicable en 2022, un suivi pour l'ensemble des antimicrobiens (antibiotiques, antifongiques, antiprotozoaires, antiviraux) et pas seulement les antibiotiques.

L'antibiorésistance à suivre pour les chats, chiens et chevaux

Le réseau s'intéresse également à des résistances aux antibiotiques retrouvées chez des animaux. Notamment pour des antibiotiques critiques (1) pour la médecine humaine. Dans les abattoirs (et dans les viandes), en 2021, la surveillance s'est concentrée sur les porcs et les bovins. Le réseau constate une forte résistance aux tétracyclines et aux sulfamides pour les salmonelles ainsi qu'aux fluoroquinolones et aux tétracyclines pour des bactéries notamment à l'origine d'intoxications alimentaires, comme la Campylobacter.

Le réseau a également réalisé des antibiogrammes (2) pour les différents types d'animaux : chats, chiens, équidés, bovins, volailles, porcs. À noter : une faible proportion de résistance aux antibiotiques critiques pour toutes les espèces animales ainsi qu'à la colistine, mais une résistance fréquente à la méticilline (15 à 20 %) chez les chiens et les chats.

Pour ce qui concerne la multirésistance, la tendance est stable ou à la baisse (avec toutefois un niveau qui reste élevé chez les porcs et les bovins), sauf chez les équidés, plutôt en hausse.

« Les bactéries présentes dans un compartiment sont sélectionnées dans celui-ci. Et désormais les transferts entre compartiments sont de l'ordre de la parcelle et plus de l'autoroute, indique Jean-Yves Madec, directeur scientifique du pôle antibiorésistance de l'Anses. Il manque aujourd'hui l'épaisseur des traits entre les secteurs, pour connaître les transmissions qui comptent vraiment. »

Un troisième plan Ecoantibio est en préparation. Mais des évolutions dans les approches, notamment des élevages, devont être conduites pour vraiment faire évoluer la situation. « Pour obtenir encore des baisses drastiques, il faudra passer par des changements des systèmes de production – pour améliorer l'état de santé des animaux et réduire l'utilisation des antibiotiques », estime Gilles Salvat, directeur général délégué au pôle recherche et référence de l'Agence nationale de sécurité sanitaire (Anses).