L'organisation gouvernementale retenue par Emmanuel Macron et Élisabeth Borne n'est pas simple en matière d'écologie et d'aménagement du territoire. Le 20 mai, le président nommait Amélie de Montchalin ministre de la Transition écologique et de la Cohésion des territoires et, auprès d'elle et du ministère de l'Intérieur, Christophe Béchu chargé des Collectivités territoriales. Si les attributions de la première ont été fixées par un décret du 1^er juin, celles du second viennent seulement de l'être par un décret paru le 9 juin.

Le ministre délégué, qui était jusque-là maire d'Angers, exerce les attributions du ministre de l'Intérieur en matière de décentralisation et celles de la ministre de la Transition écologique en matière de décentralisation et de cohésion des territoires. Selon son décret d'attribution, Amélie de Montchalin met en œuvre la politique du gouvernement à l'égard des collectivités en vue de renforcer la cohésion entre les territoires. Elle partage avec le ministre de l'Intérieur la politique de renforcement des responsabilités locales et l'animation du dialogue national avec les collectivités. Elle partage également avec Gérald Darmanin, mais aussi avec le ministre de l'Économie, Bruno Le Maire, la politique en matière de finances locales et de solidarité financière entre les collectivités. La direction générale des Collectivités locales (DGCL) est placée, du même coup, sous l'autorité conjointe des ministres de l'Intérieur et de la Transition écologique.

Cette organisation est encore complexifiée par le fait qu'un secrétariat à la Planification écologique a été créé auprès de la Première ministre. Elle pourrait être amendée et complétée par la nomination de secrétaires d'État après les élections législatives des 12 et 19 juin.