Dans ces espaces, les activités humaines ne sont pas interdites, et chaque Etat choisit les moyens pour atteindre les objectifs de préservation de la nature. Toutefois, les aménagements et activités dans ces zones sont soumis à une "évaluation d'incidence", qui permet d'étudier leur impact sur l'environnement.
Le réseau Natura 2000 couvre actuellement 17,5% du territoire terrestre européen. En France, 384 ZPS et 1.369 ZSC couvrent 12,5% des terres. L'hexagone se situe seulement au 23ème rang parmi les 28 Etats européens en termes de surface Natura 2000. Pourtant, plus de 70 % des habitats et 80 % des oiseaux signalés dans les directives européennes y sont présents, note FNE.
Côté européen, en 2007 déjà, une première évaluation de l'UE concluait que "dans l'ensemble des régions biogéographiques et marines d'Europe, seul un maigre pourcentage des habitats et espèces évalués ont un état de conservation favorable". Tout en notant qu'il faut, certes, du temps aux efforts de conservation de la nature pour porter leurs fruits. Prochaine évaluation européenne en 2012.
En France, la mise en œuvre de Natura 2000 a été "très compliquée, car certains représentants d'acteurs socio-professionnels sont ou se sont opposés à cette politique", explique FNE. Pour preuve, la France a été condamnée par la Cour de justice de l'UE, en 2010 par exemple, pour ne pas avoir transposé correctement la directive sur les habitats naturels. Aujourd'hui, FNE préconise de revoir les études d'impact des aménagements et activités humaines dans les zones protégées, afin qu'elles soient menées systématiquement, et "de manière objective et complète". Ces évaluations devraient également prendre en compte les impacts cumulés de différents projets, selon la fédération. Et enfin, donner lieu à des solutions alternatives, ou bien à des mesures d'évitement ou de compensation suffisantes de ces projets pour que les zones Natura 2000 soient véritablement efficientes.
De l'urbanisation aux stations de ski
30% des ZSC où vivent les visons d'Europe sont impactées, 25% des ZPS où vivent les outardes canepetière. Quant à la violette de Rouen, présente dans trois communes seulement, elle est menacée par deux projets routiers dans chacune de ses ZSC. Ainsi, de nombreuses espèces concernées par les mesures de protection pâtissent en fait directement de ces dégradations.
Ces dernières prennent des formes diverses : l'érosion de l'habitat par l'urbanisation ou les infrastructures de transports en est une. En Aquitaine par exemple, l'autoroute A65 traverse six ZSC, et un projet de lignes de TGV risque d'impacter 13 zones Natura 2000. Les aménagements pour les touristes sont aussi en cause. C'est le cas sur l'île de Noirmoutier, où la pression touristique dégrade les dunes blanches et grises des plages.
Les pratiques et la mauvaise gestion des ressources sont également pointées du doigt, tant dans le secteur agricole (intrants, fauche des prairies...) que sylvicoles (pistes forestières...), hydraulique (barrages, entretien des cours d'eau...) ou des loisirs. Dans ce dernier cas, au-delà des sports, de la chasse et de la pêche, FNE cite l'exemple de l'extension illégale d'un golf sur un site Natura 2000 de la Manche, dégradant des milieux humides, des dunes et les habitats de vanneaux huppés, d'aigrettes garzette et de busards des roseaux. La construction de stations de ski peut aussi dégrader des environnements de haute montagne, comme dans un site des Pyrénées-Orientales où trois "unités touristiques nouvelles" sont en projet. Elles seront construites, entre autres, sur des tourbières et des habitats du grand tétras.
Enfin, les dégradations peuvent être liées à des incidents (pollution, incendies, etc.) ou des "actes de malveillance" (braconnage, circulation en quad ou en moto, etc.).
De manière générale, bien que la majorité des sites ne soient touchés que par une seule dégradation, un tiers en supportent plusieurs. Et toutes les régions ne sont pas logées à la même enseigne : les efforts de conservation apparaissent très variables. Ainsi, seules 10% des zones "habitats" sont impactées en Corse (2 ZSC), contre 100% en Haute-Normandie (3 ZSC). En ce qui concerne les zones "oiseaux", ce sont l'Alsace, la région PACA ou encore les Pays de la Loire, l'Aquitaine, le Languedoc-Roussillon et la Franche-Comté qui font figure de mauvais élèves.
