Deux types d'actions supplémentaires peuvent donner lieu à une indemnisation de l'Etat dans le cadre d'un contrat Natura 2000 : la mise en œuvre d'un débardage alternatif et les travaux d'aménagement de lisière étagée.
Ces deux actions sont ajoutées, par un arrêté paru le 25 janvier au Bulletin officiel du ministère de l'Ecologie, à la liste des actions éligibles à une contrepartie financière de l'Etat fixée par l'arrêté du 17 novembre 2008.
Ces textes sont pris conformément à l'article L. 414-3 du Code de l'environnement, qui prévoit que le contrat Natura 2000 comporte "un ensemble d'engagements conformes aux orientations et aux mesures définies par le document d'objectifs, portant sur la conservation et, le cas échéant, le rétablissement des habitats naturels et des espèces qui ont justifié la création du site Natura 2000". Le contrat Natura 2000 définit "la nature et les modalités des aides de l'Etat et les prestations à fournir par le bénéficiaire".