Les chambres d'agriculture sont des organismes distincts des syndicats agricoles, rappelle le Conseil d'État dans une décision du 30 décembre 2020. Et le fait que ceux-ci soient représentés au sein des chambres d'agriculture ne permet pas de les assimiler à ces dernières pour la mise en œuvre de la procédure de concertation préalable à l'adoption d'un arrêté de délimitation des zones vulnérables aux pollutions par les nitrates.

L'article R. 211-77 du code de l'environnement prévoit que la procédure d'élaboration de ces arrêtés comporte une phase d'élaboration d'un projet en concertation avec les acteurs énumérés, dont les organisations professionnelles agricoles. Il prévoit ensuite une phase de consultation portant sur le projet de délimitation des zones vulnérables, qui doit être effectuée auprès des personnes publiques et organismes énumérés, dont les chambres régionales d'agriculture.

En l'espèce, le Conseil d'État a donné raison à une série de requérants, communes, syndicats agricoles (FDSEA, Jeunes agriculteurs, Coordination rurale) et chambres d'agriculture, qui avaient contesté l'arrêté du 14 mars 2015 du préfet de la région Rhône-Alpes. Cet arrêté avait délimité les zones vulnérables du bassin Rhône-Méditerranée-Corse. La cour administrative d'appel de Lyon avait estimé que l'absence de consultation des organisations professionnelles agricoles au cours de la phase de concertation les avait privées d'une garantie. Et que cette absence avait pu exercer une influence sur le sens de l'arrêté contesté.