Le projet de loi de programmation de la recherche pour les années 2021 à 2030, adopté le 17 novembre, habilite le Gouvernement à prendre une ordonnance pour « modifier le code de l'environnement, le code rural et de la pêche maritime et le code de la consommation afin de prévoir les modalités de traçabilité et les conditions de l'utilisation des semences des variétés rendues tolérantes aux herbicides [VrTH] et des produits issus ».

En février 2020, le Conseil d'État a estimé, dans la foulée de la Cour de justice européenne, que les organismes obtenus par certaines techniques de mutagenèse devaient être soumis à la réglementation relative aux OGM. Et notamment les VrTH. Le Conseil d'État demandait au Gouvernement de modifier la réglementation française en ce sens, dans les six mois. Par ailleurs, le Gouvernement disposait d'un délai de neuf mois pour identifier les variétés obtenues par mutagenèse inscrites au catalogue officiel sans avoir fait l'objet d'une évaluation des risques et les en retirer.

En juillet 2020, le Gouvernement a soumis à concertation un projet de décret et deux projets d'arrêtés visant à appliquer ces décisions. Le Gouvernement identifiait 96 variétés obtenues par mutagénèse aléatoire in vitro et enregistrées au catalogue européen par d'autres pays que la France, et sept variétés inscrites au catalogue français. Ces variétés « seront interdites à la commercialisation et à la mise en culture en France, faute d'avoir été évaluées et autorisées au titre de la réglementation relative aux OGM », prévoyait le premier projet d'arrêté. Le second projet d'arrêté prévoyait le retrait du catalogue officiel français des variétés issues de mutagenèse aléatoire in vitro, autrement dit les variétés de colza tolérantes aux herbicides. En revanche, d'autres VrTH, obtenues avec d'autres méthodes, pourraient être autorisées. Le Haut conseil aux biotechnologies (HCB) avait rendu un avis plus que mitigé sur ces projets de texte, qui n'ont finalement pas été publiés.

En octobre, neuf organisations paysannes, de défense de l'environnement et des citoyens ont donc saisi le Conseil d'État contre le Gouvernement pour non-exécution de ses décisions sur les nouveaux OGM.