Ingénieur du CNAM spécialisé dans la biochimie industrielle alimentaire, Olivier Farot a débuté sa carrière, en 1999, comme Ingénieur en développement analytique au Centre technique de la conserve et des produits appertisé (CTCPA). Un an plus tard, il intègre le laboratoire de l'Institut scientifique d'hygiène alimentaire (ISHA) où il est en charge d'un service d'analyse de chimie alimentaire.
En 2001, il rejoint le groupe Veolia environnement en prenant la direction de deux laboratoires : Dioxlab, spécialisé dans le prélèvement d'air canalisé et l'analyse de dioxines/furanes et le laboratoire du Creed (Centre de recherche des déchets) spécialisé dans l'analyse de résidus de traitement de déchets.
Toujours au sein du groupe Veolia, Olivier Farot prend, en 2005, la responsabilité du laboratoire central du Centre d'analyses environnementales (CAE).
