Cette loi a également instauré la nouvelle Agence des aires marines protégées qui a vocation à appuyer l'Etat et les collectivités territoriales pour l'élaboration de la stratégie de protection de l'espace maritime français soit 11 millions de km². Les Parcs naturels marins forment une partie de la réponse. C'est pourquoi, après son installation en décembre dernier à Brest, le conseil d'administration de l'agence s'est réuni, sous la présidence de Jérôme Bignon, député de la Somme, pour examiner son premier dossier : la création de Parc naturel marin de l'Iroise. L'agence s'est basée sur les résultats de l'enquête publique qui s'est déroulée entre le 20 novembre et le 22 décembre 2006 et sur la consultation des collectivités territoriales et des instances socio-professionnelles organisée en parallèle. À l'issue de ces deux consultations, la commission d'enquête avait émis un avis favorable assortie de trois réserves concernant les conditions d'extension future du périmètre du parc naturel marin, les conditions d'approbation du plan de gestion du parc et l'adaptation de la composition du conseil de gestion.
Le conseil d'administration de l'Agence des aires marines protégées propose en réponse à la première réserve que la procédure de création du parc soit poursuivie sans attendre l'enquête publique concernant les extensions, tout en donnant un avis favorable sur les extensions du sud comme du nord. En réponse à la seconde réserve, il souhaite que le plan de gestion soit suffisamment abouti pour que, lors des enquêtes publiques sur les extensions, il puisse figurer dans le dossier. Enfin, concernant la troisième réserve, le conseil d'administration propose que le conseil de gestion qui serait composé de 45 membres soit augmenté d'un élu et d'une association d'usagers et que d'autres sièges soient prévus pour les extensions futures.
Moyennant la modification du décret dans ce sens, le conseil d'administration a donc donné un avis favorable à la création du parc marin. Cet avis devrait permettre à Nelly OLIN, Ministre de l'Ecologie et du Développement durable de signer très prochainement le décret créant le premier Parc naturel marin en France.
La zone protégée dans le projet actuel de parc naturel marin d'Iroise devrait s'étendre du nord d'Ouessant au sud de Sein, soit un espace maritime d'environ 300.000 ha, incluant les îles de Sein, Ouessant et Molène et 31 communes littorales.
Par ailleurs, deux autres projets de parcs naturels marins pourraient être mis à l'étude très prochainement : l'un sur la côte de Cerbères-Banyuls et l'autre sur le lagon de Mayotte.