Ainsi, depuis une semaine, les députés du Parlement européen étudient la proposition de la Commission. Les amendements proposés par les députés portent notamment sur un besoin de clarification de certaines définitions, comme la distinction entre élimination et valorisation. Dans un objectif de promotion des meilleures pratiques, les députés ont tenu a marqué leur attachement à la politique de hiérarchisation des déchets, qui classe les solutions de traitement en fonction de leur incidence écologique. Les députés souhaitent donc privilégier fortement la prévention, par exemple en réduisant les emballages, puis la réutilisation des produits consommés, la valorisation matière comme le recyclage des matériaux, la valorisation énergétique et en dernier lieu l'élimination (mise en décharge par exemple). La commission de l'environnement du Parlement ayant jugé que la nouvelle approche basée sur le « cycle de vie » des produits proposée par la Commission européenne était trop théorique, souhaite s'en tenir à cette politique de hiérarchisation des déchets. Elle précise que les Etats membres pourront s'écarter de cette hiérarchie, si des évaluations basées sur le cycle de vie et une analyse des coûts et bénéfices indiquent clairement une option de traitement alternative. Pour le Parlement, il importe surtout de réduire in fine la mise en décharge et l'incinération.
Cette méthode de traitement a d'ailleurs été au centre d'un vif débat entre certains députés qui souhaitaient la considérer comme une opération de valorisation et d'autres comme une forme d'élimination. La Commission proposait initialement de considérer qu'il s'agit de valorisation dès lors qu'un certain seuil d'efficacité énergétique est atteint mais finalement, une majorité de députés n'a pas admis cette idée. Si cette position se maintient jusqu'à la fin de la procédure de validation de la directive, l'ensemble des acteurs de la gestion des déchets ne pourront plus opter aussi aisément qu'aujourd'hui pour la solution de « facilité » qu'est l'incinération.
Les députés souhaitent également que les Etats membres établissent des programmes de prévention nationaux dans les 18 mois qui suivront l'entrée en vigueur de la directive avec comme objectif, la stabilisation de leur production de déchets en 2012 au niveau atteint en 2008 et la fixation en 2010, d'objectifs de réduction pour l'horizon 2020.
En outre, d'autres objectifs ont été introduits pour la réutilisation et le recyclage. En 2020, 50% des déchets municipaux et 70 % des déchets industriels, de construction, de démolition, et de production devront être réutilisés ou recyclés.
Par ailleurs, les députés ont ajouté d'autres dispositions ou principes plus contraignants que dans la proposition initiale de la Commission comme la création d'un Forum consultatif sur la gestion des déchets ou l'introduction du principe de proximité : les déchets devraient être traités dans les installations les plus proches, indépendamment des frontières nationales. Les députés ont également souhaité clarifier la distinction entre déchets et sous-produits qui peuvent encore faire l'objet d'une exploitation industrielle, tels que le verre, le métal ou le compost. La Commission devrait par ailleurs proposer des critères environnementaux pour chaque catégorie de déchet susceptible d'être utilisée comme produit, matériau ou substance secondaire, deux ans après l'entrée en vigueur de la directive.
Au total, plus de 600 amendements ont été examinés par la commission de l'Environnement et 97 ont été retenus. Le texte doit désormais être rediscuté avec la Commission et les Etats membres dans le respect du principe de codécision.