Polytechnicien, Patrick Boissier entame sa carrière en 1972 au sein du groupe Pechiney, où il est ingénieur de production puis directeur d'usine dans le secteur aluminium. Douze ans plus tard, il est nommé président de l'activité tubes de Tréfimetaux puis devient en 1987 directeur général de la société. En 1994, il rejoint le groupe italien Elfi comme président du secteur chauffage et climatisation. De 1997 à 2007, il préside le secteur marine d'Alstom et de Chantiers de l'Atlantique, avant de rejoindre Cegelec au poste de directeur général.
A partir de 2009, Patrick Boissier prend la direction de DCNS, "leader mondial du naval de défense et innovateur dans l'énergie". Dans son communiqué du 2 juillet 2014, DCNS précise que Patrick Boissier va demander d'écourter son mandat lors de la prochaine réunion du conseil d'administration du groupe le 23 juillet.