Selon l'étude des données 2007 issues des réseaux de suivi de la qualité des eaux, les pesticides ont été détectés dans 91 % des points de suivi de la qualité des cours d'eau et dans 59 % des points pour les eaux souterraines. Des résultats qui confirment les chiffres observés les années précédentes. ''Si les teneurs mesurées sont parfois très faibles, cela traduit néanmoins une dispersion importante des pesticides et une présence généralisée dans les milieux aquatiques et dans une majorité des eaux souterraines, les nappes des zones de socle étant épargnées'', note la synthèse du Commissariat général au développement durable (CGDD), publiée fin juillet. Les substances les plus fréquemment rencontrées dans les cours d'eau et dans les eaux souterraines sont, dans la quasi-totalité des cas, des herbicides.

L'agriculture française utilise actuellement environ 400 substances chimiques, qui entrent dans la composition de plus de 8.000 produits commercialisés.

Une contamination différente des eaux superficielles et des eaux souterraines

''Sur la période 1997-2007, l'effort de recherche fluctuant selon les pesticides et les années, il est difficile de mettre en évidence des tendances'', note l'étude. Cependant, les observations mettent en évidence une baisse sensible de la présence dans les cours d'eau des molécules interdites depuis plusieurs années (lindane, pesticides de la famille des triazines). Ainsi, le glyphosate et son métabolite l'AMPA sont très présents depuis le début des années 2000 dans les cours d'eau, remplaçant l'atrazine parmi les pesticides les plus quantifiés, interdite depuis octobre 2003. En revanche, dans les eaux souterraines, certains produits issus de la dégradation des molécules interdites sont en augmentation. ''Ceci peut être expliqué par des temps de résidence importants dans de nombreuses nappes dont les eaux ne sont renouvelées qu'au bout de plusieurs années, voire plusieurs dizaines d'années'', analyse le CGDD.

Les rivières restent davantage contaminées que les eaux souterraines. La concentration totale en pesticides est supérieure à 0,5 µg/l sur 18 % des points de mesure en rivières et sur 3,8 % des points en eaux souterraines.
11 % des points de mesure en eaux superficielles ne respectent pas les normes fixées dans le cadre de la directive sur l'eau (DCE) pour au moins une des 18 substances ou groupes de substances jugés prioritaires.
Le diuron (désherbant interdit d'utilisation depuis décembre 2008) et l'isoproturon (désherbant dont l'utilisation est très encadrée), sont responsables de trois-quarts des dépassements de norme en 2007. Ces dépassements concernent des régions présentant de fortes concentrations totales en pesticides. Les plus touchées sont logiquement les zones de grande culture céréalière et viticoles. Les impacts peuvent également être localement importants. Par exemple, 40 % des points de mesure situés dans la région Île-de-France ne respectaient pas les normes à cause du diuron en 2007.

Les eaux souterraines sont quant à elles marquées par une présence prépondérante de produits de dégradation de molécules originelles et la persistance de produits interdits. Sur les quinze pesticides les plus quantifiés en 2007, sept sont des métabolites et cinq étaient interdits d'usage en 2007. L'essentiel des dépassements de normes (18 % des points suivis) est dû à l'atrazine déséthyl, principal métabolite de l'atrazine et dans une moindre mesure de l'atrazine elle-même (interdite depuis 2003). Le glyphosate (désherbant total) et son métabolite l'AMPA sont la troisième cause de déclassement derrière l'atrazine et son métabolite. Une baisse sensible du lindane et de ses isomères, interdits depuis 1998, a été constatée mais ils restent toutefois toujours présents en 2007.
L'ensemble du territoire métropolitain est concerné par ces contaminations. Seules les zones de socle sont épargnées (Bretagne, Massif central, Pyrénées, Alpes et Corse).

Des données incomplètes

Le CGDD note que le bilan est incomplet même si la mise en œuvre de la DCE, en 2007, a permis une meilleure couverture du territoire : ''pour certaines stations et pesticides, les performances analytiques des laboratoires ne sont pas compatibles avec les normes en vigueur. Il est alors impossible de qualifier l'état de ces stations''''les normes de qualité ne portent que sur un nombre limité de substances, pour l'essentiel les substances dites ''prioritaires ou dangereuses'', et ne rendent pas totalement compte de la totalité de la contamination par les pesticides''.
Deux tiers des quinze substances les plus rencontrées dans les cours d'eau ne sont pas, à ce jour, couvertes par une norme. C'est le cas notamment du glyphosate et de son métabolite l'AMPA qui sont respectivement les troisième et première substances les plus fréquemment quantifiées dans les rivières.

Il faudra attendre quelques années pour mesurer l'impact sur les eaux superficielles et souterraines des mesures issues de la directive cadre sur l'eau ou de plans tels que Ecophyto 2018, qui vise une réduction de moitié l'utilisation de produits phytosanitaires en France sur la période 2008-2018.