Philippe Baptiste est ingénieur civil des Mines de Nancy, diplômé en sciences et en informatique. Il débute sa carrière en France à Ilog, éditeur de logiciels rachetée depuis par IBM, puis au E-lab de Bouygues avant de travailler aux Etats-Unis chez IBM Research de 2000 à 2001.
Philippe Baptiste entre au CNRS en 1999. Professeur chargé de cours à l'Ecole polytechnique de 2002 à 2011, il rejoint en 2002 le laboratoire d'informatique, le LIX (1) dont il prend la direction en 2008. Elu au Comité national de la recherche scientifique de 2004 à 2008, Philippe Baptiste devient directeur de l'institut des sciences de l'information et leurs interactions du CNRS en 2010, avant de rejoindre en 2013 le ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche en tant que chef du service de la stratégie de la recherche et de l'innovation.
Aux côtés d'Alain Fuchs, Philippe Baptiste sera notamment en charge de la coordination des dix instituts du CNRS, de l'interdisciplinarité, de l'innovation, des coopérations internationales et des partenariats, rappelle le communiqué du CNRS.