Selon la Fédération Rhône-Alpes de Protection de la Nature (FRAPNA), plus de 40 % des captages d'eau potable de la région ne bénéficient pas encore de périmètres de protection. ''Sur les 5.700 captages du Bassin Rhône-Méditerranée, seuls 31 prioritaires dans le cadre du SDAGE sur 225 et 20 captages « Grenelle » sur 122 sont dotés d'un plan d'action'', constate la Frapna.
''Même si les captages protégés représentent 80% de l'eau distribuée, 20% des Savoyards, 10 à 20% des Haut Savoyards, des Isérois, et des Drômois, 5 à 10% des habitants de l'Ain et des quelques pourcents d'habitants du Rhône ont reçu de l'eau contaminée par des bactéries pathogènes au moins une fois en 2008'', dénonce la Frapna.

Face à cette situation qu'elle qualifie de ''préoccupante'', la FRAPNA demande la mise en place de mesures de prévention et notamment d'accélérer la protection réglementaire des captages et de favoriser l'émergence de structures de gestion pérennes, notamment en milieu rural.
En ce qui concerne les pollutions agricoles, la Frapna préconise de prendre en compte tout le bassin versant d'alimentation du captage estiment que les périmètres de protection réglementaires ne suffisent pas. Pour selon, l'association mise notamment sur la reconversion des agriculteurs à l'agriculture biologique.