A l'occasion de l'examen de la loi biodiversité, les sénateurs n'ont pas suivi l'Assemblée nationale dans la réforme de la gouvernance de l'eau. En mars 2015, à l'initiative de la députée PS Delphine Batho, les parlementaires avaient modifié la composition des comités de bassin et des conseils d'administration des agences de l'eau pour améliorer la représentativité des acteurs, notamment les usagers de l'eau non professionnels.

Les sénateurs ont jugé que ces nouvelles modifications n'étaient pas souhaitables puisqu'un décret de 2014 avait déjà modifié la composition des comités de bassin. Le Sénat s'est donc contenté d'inscrire dans le code le système actuel issu du décret de 2014.

Concernant la composition des conseils d'administration des agences de l'eau, les sénateurs ont modifié l'article concerné estimant que les modifications apportées à l'Assemblée revenaient à doubler le nombre de représentants de l'Etat et ne prévoyait aucune représentation pour les usagers économiques. Au final, le deuxième collège qui représente les usagers de l'eau est divisé en trois sous-collèges (usagers non professionnels, usagers professionnels de l'agriculture et de la sylviculture, et usagers professionnels du secteur industriel et artisanal) avec un nombre égal de représentants.

Fonctionnement des agences de l'eau

Les sénateurs ont appuyé la création d'une commission des aides se prononçant sur l'attribution des aides financières des agences de l'eau, dispositif mis en place par l'Assemblée nationale. Mais les sénateurs ont remplacé le principe d'incompatibilité de la fonction de membre du conseil d'administration d'une agence avec certaines fonctions par un système de charte de déontologie. Les membres du conseil d'administration d'une agence de l'eau devront également souscrire une déclaration publique d'intérêts.

Ces modifications du fonctionnement des agences de l'eau répondent aux critiques de la Cour des comptes formulées dans son rapport annuel de 2015.