La réforme était très controversée, mais le Gouvernement n'y a pas renoncé pour autant. Le décret qui transfère la gestion des sites Natura 2000 terrestres aux Régions a été publié, le 31 décembre, pour une entrée en vigueur au 1er janvier 2023.
Ce texte, pris en application de la loi 3DS, décentralise la gestion de ces sites, destinés à préserver et restaurer la biodiversité d'intérêt communautaire, de l'État vers les Régions, collectivités « cheffes de file » en matière de biodiversité. Ces dernières se voient confier le rôle d'autorité administrative en lieu et place du préfet de département. C'est-à-dire qu'elles sont désormais compétentes pour constituer le comité de pilotage (Copil) du site Natura 2000, organe de gouvernance locale qui réunit services de l'État, collectivités territoriales et acteurs socio-professionnels concernés dans le cadre d'une approche « contractuelle et volontaire ». En l'absence de collectivité territoriale volontaire pour gérer le site, la Région présidera le Copil. Dans cette hypothèse, elle sera aussi chargée de l'élaboration et du suivi de la mise en œuvre du document d'objectifs (Docob), qui constitue le document de gestion du site. Dans tous les cas, elle est désormais chargée d'approuver ce document.
Cette réforme a été critiquée, dans un rapport de février 2022, par les missions d'inspection des ministères de la Transition écologique et de l'Intérieur. Elle a également recueilli 94 % d'avis défavorables lors de la consultation publique qui s'est tenue durant l'été dernier. Si 84 % des contributions négatives concernaient une disposition relative à l'évaluation des incidences de l'activité d'alevinage sur les sites Natura 2000, disposition finalement supprimée du texte par le Gouvernement, les autres s'opposaient au principe même de la décentralisation. Des inquiétudes portent en particulier sur les Régions qui ne font pas des aires protégées une priorité. Ainsi, au cours de la dernière programmation budgétaire, la Région Auvergne-Rhône-Alpes (Aura) n'a ouvert aucune ligne de crédit sur le Fonds européen agricole pour le développement rural (Feader), mettant en péril la gestion des sites Natura 2000 sur son territoire.
Les missions de désignation des sites Natura 2000 et de l'instruction des évaluations des incidences des projets sur ces sites restent, en revanche, de la compétence de l'État. Il en est de même de l'encadrement de l'utilisation des pesticides dans ces sites lorsqu'il n'est pas prévu par les chartes passées avec les agriculteurs, selon un autre décret paru fin novembre. Ce dernier, publié à la suite d'une injonction du Conseil d'État, ne prévoit toutefois aucune contrainte de délai pour que les préfets mettent en œuvre cet encadrement.
