En revanche selon la FAO, l'état de certaines espèces de poissons grands migrateurs et de haute mer suscite de vives préoccupations. L'organisation s'inquiète surtout des espèces capturées exclusivement ou partiellement en haute mer hors des juridictions nationales comme les requins océaniques grands migrateurs et les stocks dits « chevauchants » qui sillonnent la haute mer et franchissent régulièrement les frontières maritimes nationales. Ainsi, plus de la moitié des stocks de requins grands migrateurs et 66% des stocks hauturiers et chevauchants seraient soit surexploités soit appauvris, notamment des espèces comme le merlu, la morue et le flétan, l'hoplostète rouge, le requin pèlerin et le thon rouge. Même si ces stocks ne représentent qu'une petite partie des ressources halieutiques, ils sont des indicateurs clés de l'état d'une portion massive de l'écosystème océanique, a déclaré Ichiro Nomura, Sous-directeur général de la FAO pour les pêches.
En effet, en observant l'ensemble des espèces marines, la situation semble très inquiétante dans certaines zones géographiques. Parmi les zones les plus problématiques figurent l'Atlantique du Sud-Est, le Pacifique du Sud-Est, l'Atlantique du Nord-Ouest et les lieux de pêche du thon de haute mer dans les océans Atlantique et Indien. Dans ces zones, les stocks surexploités, appauvris ou en reprise oscillent entre 46% et 66% du total. Ces tendances confirment que le potentiel de capture des océans de la planète a vraisemblablement atteint son plafond. En outre, elles soulignent la nécessité d'une gestion plus prudente et efficace des pêches afin de reconstituer les stocks épuisés et empêcher la diminution des stocks proches de leur rendement maximal, estime M. Nomura.
Par conséquent, le rapport soutient que des réformes sont nécessaires pour renforcer les organismes régionaux d'aménagement des pêches, institutions multilatérales créées par les gouvernements pour promouvoir la coopération régionale en matière de gestion des pêches. Selon la FAO, ces organismes, qui sont déjà au nombre de 39, représentent le seul moyen réaliste d'assurer une bonne gouvernance de l'exploitation des stocks halieutiques. Pourtant la FAO précise qu'en l'absence d'une détermination politique des membres de certains de ces organismes, les initiatives de conservation et de gestion ont été contrariées voire réprimées ces dernières années. Elle reste néanmoins convaincue que renforcer les organismes régionaux d'aménagement des pêches afin de conserver et de gérer les stocks de poisson plus efficacement reste le principal défi que doit affronter la gouvernance internationale des pêches.
À ce propos, la question de la réforme des organismes régionaux fait l'objet cette semaine de discussions parmi les autorités des pêches de haut niveau appartenant aux pays participant à la 27ème session du Comité des pêches de la FAO. D'autres points seront examinés, notamment l'approche écosystémique des pêches et de l'aquaculture, la pêche en eaux profondes, les zones marines protégées, les risques posés par les engins de pêche perdus ou abandonnés, et la lutte contre la pêche illégale.