À La Réunion, sur 732 espèces de poissons récifaux (dont seulement 58 % sont suffisamment bien connues pour l'attester), 36 sont désormais considérées comme « menacées » et 23 « quasi-menacées ». Cet état des lieux (1) est le premier du genre pour l'île française. Il a été réalisé par le Comité français de l'Union internationale pour la conservation de la nature (UICN) en collaboration avec les spécialistes de l'unité Patrinat, le Centre d'expertise et de données sur le patrimoine naturel réunissant le Centre national de recherche scientifique (CNRS), l'Office français de la biodiversité (OFB) et le Muséum national d'histoire naturelle (MNHN).

La surpêche – même lorsqu'elle implique des pratiques traditionnelles, comme la pêche à la gaulette (une canne de bambou) – constitue la principale menace pour les espèces de mérous et de labres. Le mérou patate (Epinephelus tukula), le mérou marron (Epinephelus fuscoguttatus) ou encore le poisson Napoléon (Cheilinus undulatus) sont tous les trois « en danger critique d'extinction » (le plus haut des trois niveaux de la catégorie « espèce menacée » de la Liste rouge de l'UICN). « Les résultats montrent en particulier l'importance d'améliorer la gestion de la pêche et de développer des zones de protection forte en mer, affirme l'UICN. Plusieurs espèces continuent d'être surpêchées au point que certaines sont aujourd'hui menacées, alors que des mesures appropriées de gestion adaptative et de promotion d'une pêche raisonnée permettraient un rétablissement de leurs populations. »

En outre, « de manière générale, toutes les pressions qui affectent l'écosystème des récifs coralliens touchent également les poissons récifaux, souligne l'UICN. Les effets cumulés de l'urbanisation croissante du littoral, des pollutions agricoles et des apports terrigènes liés aux ruissellements conduisent en particulier à une dégradation importante et chronique de la qualité des eaux côtières ». Cette dégradation du milieu récifal réunionnais affecte notamment les coraux et les anémones de mer, dont de nombreux poissons dépendent. Le poisson-clown de Maurice (Amphiprion chrysogaster) et le poisson-papillon à chevrons (Chaetodon trifascialis) se retrouvent ainsi actuellement dans la catégorie « vulnérable ».